Rt Madona (piranska Punta) je eden najizrazitejših, najdostopnejših in obenem tudi dokaj ogroženih (ribolov, rekreacija) predelov slovenskega obalnega morja z izredno pestrim živalskim in rastlinskim svetom. Trdno kamnito dno, ki spremlja obrežni pas slovenske obale v vsej njegovi dolžini, se od obrežne črte bolj ali manj enakomerno spušča do nekaj metrov globoko, nakar se praviloma pojavi pregib s strmejšim skokom, ki sega vse do sedimentnega dna. Ta skok je najizrazitejši ravno pred rtom Madona.

Na severovzhodni strani rta se trdno sprva položno spušča do štirih ali petih metrov globine, nakar se strmo prevesi in med desetimi in petnajstimi metri globine preide v peščeno dno. dno od obrežne črte do pregiba je poraslo z algalno zarastjo, predvsem z vrstami rodov Cystoseira, Sargassum, Dictyota, Halimeda in Padina. Po pregibu je manj cistozire, pogosteje pa se pojavljajo litotamnijske alge (Pseudolithophyllum sp.) ter predstavniki rodov Codium. Votline, izbokline in razpoke stopničastega brega med pregibom in peščenim dnom naseljujejo številne živalske vrste. Med bolj opaznimi so različni črni cevkarji (Spirographis spallanzani, Protula tubularia, Serpula vermicularis), spužve (Euspongia officinalis, Verongia aerophoba, Haliclona mediterranea) in ribe, med katerimi je ob pirkah (Serranus scriba), črnikah (Chromis chromis) in lumbrakih (Crenilabrus sp.) tudi veliko plemenitih belih rib - kavalov (Corvina nigra), šargov (Diplodus sargus), ušat (Oblada melanura) idr. Ob pozornejšem opazovanju pa lahko srečamo tudi z algami poraslega malega morskega pajka (Maia verrucosa), s spužvo prekrito rakovico dromio (Dromia personata), dolgonosega morskega konjička (Hippocampus gattulatus), škarpeno (Scorpaena scrofa) in polža velikega svitka (Astrea rugosa). Veliki svitek (turban) - simbol naravnega spomenika Rt Madona, je tudi dokaj ogrožen, saj je zaradi svojega prelepega oranžno-belega pokrovčka (operkuluma) prepogosto tarča obiskovalcev podvodnega sveta piranske punte in izdelovalcev nakita. Pomembna živalska vrsta spodnjega infralitorala je tudi kamena korala (Cladocora cespitosa). Na južni strani rta tvori ta naša največja koralna vrsta povsem strnjene formacije, ki tu in tam skoraj popolnoma prekrivajo morsko dno. Sicer pa je relief morskega dna na južni strani rta manj razgiban. Nekoliko izrazitejši pregib s skokom je le med dvemi in šestimim metri globine. Zaradi intenzivnejše prisotnosti morskega ježka (Paracentrotus lividus) in drugačne zgradbe morskega dna je algalna zarast na tej strani rta zelo skromna. Najpogostejši prebivalci morskega dna so tako spužve, ascidije (Phalusa sp.), ožigalkarji (Anemonija sulcata) in školjke (Ostrea sp.) ter morske kumare (Holothuria sp.).

Podvodni svet rta Madona je zaradi izredne pestrosti različnih habitatov ter rastlinskih in živalskih vrst nedvomno edinstven tako za slovensko obalno morje kakor tudi za celoten Tržaški zaliv. Kljub svojim skromnim dimenzijam je nenadomestljiv delček v mozaiku biotske raznolikosti tega najsevernejšega dela Sredozemlja